GJM STD HKBP ialah unsur akademik yang berperan dalam meningkatkan mutu penyelenggaraan pendidikan melalui pemantauan, evaluasi dan pengembangan berkelanjutan terhadap proses akademik dan pelayanan institusi. Dalam pelaksanaannya, bertugas merencanakan, melaksanakan, mengevaluasi, mengendalikan dan meningkatkan penyelenggaraan mutu akademik dan nonakademik secara berkelanjutan. Selain itu, bertanggung jawab dalam melaksanakan administrasi GJM/UJM serta memastikan seluruh kegiatan dan proses penjaminan mutu terdokumentasi dengan baik. Seluruh pelaksanaan program dan kegiatan kemudian disusun dalam bentuk laporan tertulis untuk disampaikan kepada Ketua sebagai bentuk pertanggungjawaban.
Memantau dan mendukung penerapan standar mutu dalam proses pembelajaran, kurikulum, serta kegiatan akademik.
Melakukan pemantauan dan evaluasi terhadap pelaksanaan kegiatan untuk memastikan kesesuaian dengan standar yang telah ditetapkan.
Mendorong tindak lanjut hasil evaluasi sebagai dasar perbaikan dan peningkatan kualitas penyelenggaraan pendidikan.
Mendukung pengelolaan dokumen, data, dan informasi yang diperlukan dalam pelaksanaan sistem penjaminan mutu.
SPMI Sekolah Tinggi Diakones HKBP menerapkan sistem manajemen PPEPP, yaitu:
Sekolah Tinggi Diakones HKBP merupakan institusi pendidikan tinggi yang berkomitmen membentuk pribadi yang beriman, berkarakter, kompeten, dan siap melayani gereja serta masyarakat.